《E5系隼鸟》、《N700A希望号》等真实存在的新干线变形的机器人“新干线”的驾驶员的孩子们，与大人们协力对抗敌人的模样，是电视动画《新干线变形机器人新干线》的剧场版。

新一代新干线开发的试验车“ALFA-X”作为新干线登场，描绘了和新的驾驶员一起战斗的模样。

哈恩的父亲再次向哈恩发起了攻击。

在无法掩饰不安的隼人面前，超越时空出现了9岁的圣人。

穿越过来的少年霍克特为了保护地球，回到原来的时间，决定成为集结最新技术完成的“辛卡里昂ALFA-X”的驾驶员。