故事可说是融合了相当高度的宗教联想。

西历2000年巨型陨石坠落南极引致天灾四起世界人口因此锐减一半称为“第二次撞击”（SecondImpact）。

事隔十五年人类正值复兴之时一种来历不明的巨大战斗生命体——“使徒”（Angels）再度出现不断向人类重阵第三新东京市进袭。

人类迎击使徒的唯一希望就是特务机关NERV开发的人型决战兵器“福音战士”（EVANGELION）但能够胜任驾驶员的人选就只有几个年仅十四岁的少年男女他们用精神控制机器。

在不断的战斗中既有肉体上的伤痛更有精神上的巨大折磨：个人与他人的关系父与子、母与女的冲突成长与逃避。

在战斗中第二次撞击的真相也不断显现——那并不是天灾而是由人类引起的灾难。

消灭最后一个使徒后NERV的后台机关“人类补完委员会”（SEELE）为完成人类补完计划消灭了NERV与EVANGELION并引发第三次撞击。

只有碇真嗣与明日香存活下来——只要有生命地球就会复原。

未来是什么时空又是什么？

远古的回忆是一种现实还是一种梦幻？

人的来源在哪里？

归宿又在何方？