南宋年间，通古县前任县令为了一己私利，利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童，百姓惶惶不安，在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀“河神”可以平息灾祸。

宋慈受命来到通古，向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈，并保证一定会查出事情真相，他的到来使得老县令感觉到了威胁。

在老县令的授意下，其党羽对宋慈阳奉阴违，并暗中施以压迫，企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。

在一波接一波的危险降临在宋慈身上时，孩童还在不断失踪，这使得老百姓对宋慈失去了信任，逼宋慈赶紧祭河神。

宋慈顶着多方的压力，抽丝剥茧地调查，利用自己高超的法医学手段让尸体“开口说话”，逐渐锁定了真凶，并发现了背后的巨大阴谋。

最终，宋慈不惜以性命相搏将真凶绳之以法。