在《包青天之碧血丹心》中全新的剧本将展现北宋大背景下发生的大案件。故事从开封蔡河溃堤一案展开，开篇便是开封府一帮忠义之士被奸臣所害身陷困境。情感纠葛是剧中的一大看点。剧中，女一号“惠娘”，不仅迷倒展昭使其中毒，更使得公孙策为爱失忆流落江湖，她还设下“复仇”圈套，要置包青天于死地。包青天被押赴法场，展昭拼死相救，为包大人身挡利矛，誓死捍卫。蔡河横过宋都开封，每逢雨季皆有泛滥之忧，如今雨季来临又逢暴雨不断，终于溃堤成灾，灾民伤亡惨重震惊朝野，仁宗震怒，责令开封府与都水监协同彻查水灾成因，追究其间是否有人为问题。　　都水监主簿杜平青年才俊，颇有胆识，向包拯禀明之所以会造成水患，皆因王公大臣富商巨贾为夸耀财富，于蔡河两岸竞相私建楼台水榭导致河道受阻，上游水位暴涨无处宣泄造成溃堤。仁宗闻奏大怒，下旨命包拯负责拆除违建，如有阻挠者依抗旨之罪严惩不贷。有些不甘损失心存侥幸的权贵，想方设法意图规避拆除，威胁利诱甚至企图行刺主簿杜平，幸得展昭、艾虎及时保护逃过一劫，违建得以顺利拆除。公孙策推断水患成因并不简单，于是暗中追查，发现溃堤之处竟是新建完成。包拯查明朝廷负责营造堤坝的将作监把工程发交民间承包，而承包商人偷工减料，才致使民众生命财产遭受重大损失，而罪魁祸首竟是杜平的舅父罗琼。罗琼见东窗事发急忙安排他人顶罪，又命手下于猛杀害与他勾串的将作监判监事洪昌，且佯作畏罪自尽的模样，岂料包拯察觉有异，仍锲而不舍极力追查。罗琼深怕性命难保，央请杜平之父杜斌出面，通过庞太师将珍藏至宝珍珠衫献与庞贵妃，意图影响仁宗，阻止包拯继续追查。杜斌本是工部尚书退休，在任期间即与妻舅罗琼勾结包揽朝廷重大工程，从中谋取暴利。工部侍郎佟林不愿同流合污又无力对抗，只好称病辞官。杜斌唯恐留下后患，趁佟林返乡途中杀之灭口，并故作仁义收养了佟林的幼子，那佟林遗孤即是如今的杜平。一袭珍珠衫不仅间接地让包拯查明溃堤的主因，更查出一段昔日悬案，仁宗感叹之余命杜平认祖归宗，并派杜平赴佟林故乡任知县之职，珍珠衫物归原主重回佟家，全案至此终结。