明朝末年，皇帝朱常洛老来得子，是为皇三子朱由校，此时锦衣卫校尉杨天石接到线报：“刺客入宫”，迅即入宫侍卫，谁知潜入宫禁暗杀三皇子者竟是杨结拜兄弟之一萧云天，杨天石拼死护救，皇子生母仍被杀，萧亦自尽。现场线索发现，杀手竟为皇嫡子朱由检生母、当朝后天后所派。老皇帝悲恨之余，欲立朱由校为太子，遭首辅杨涟强烈反对，皇帝遂徒杨涟，并命杨天石鸩杀皇后，但杨天石却对皇长子朱由机及锦衣卫指挥使钱仕达心生疑惑。锦衣卫作为宫廷侍卫军，法外之法的刑讯机构，即在君主绝对专制的中国封建社会，亦属独一无二。本剧三位锦衣卫，萧天云惟命是从，钱宁唯利是从，杨天石惟情是从，纠缠着明末天下第一美女客印月的爱恨情仇，伴随着三代皇帝父子兄弟相残的血雨腥风，演出了一曲抗争政治黑暗、寻觅真情良知的旷世悲歌。