《百花缭乱》以架空时代为背景，讲述了主人公柳生宗朗和从天而降的各类型美少女一起对抗学生会的故事。作品的关键词是美少女＋格斗，风格上与Arms之前制作的《一骑当千》和《女皇之刃》有雷同之处，希望能看到新的突破。将元号改名为“平成”之后的20余年，进入21世纪初期的日本。将日本从闭关锁国状态中解救出来的德川幕府仍然维持着统治，庆康第25代就任将军之位。故事的舞台是座落在富士山麓的大型教育机构武应学园私塾。在这间学校，学生会执行部将反对德川家的人判定叛乱份子强行进行镇压并把这种行动称之为“丰臣狩猎”。