纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。

暴躁冲动却富有激情的拉斐尔，幽默风趣的的米开朗基罗，个性沉稳的多纳泰罗以及他们的领导者达芬奇，这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。

他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。

神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。