本SP约等于TV版的前传。警视厅二系的近藤警官（德井优饰）找到了在空难中失去双亲和弟弟的女高中生当麻纱绫（户田惠梨香饰），并告诉她“你的家人很有可能是被SPEC持有者杀害的”。这是当麻第一次听到SPEC这个词。
五年后，时刻铭记那句话的当麻毅然决然选择了警察这个职业。结束FBI研修活动回国的当麻，被分配到公安fd34y6部公安第五课未详时间特别对策系，成为了野野村的手下······
另一方面，一（神木隆之介饰）被地居（城田优饰）设计，将当麻当成弑亲的凶手，想要亲手报仇。被地居篡改记忆的当麻和一完全不记得两人曾是姐弟，并反目成仇······
真相大白的一天就要到来了······