在日本战国时代，出身于三流贫穷忍者之家的少年乱太郎（加藤清史郎 饰），为了成为优秀忍者进入忍术学园学习，并在此结识了双亲死于战乱且爱财如命的雾丸（林辽威 饰）和贪吃贪睡的富商之子新兵卫（神月朱理 饰）。这三个一年叶组（一年は组）的吊车尾小忍蛋和同学、老师以及稗田八方斋（西田健 饰）为首的毒竹忍者队相互交错，度过了愉快而有趣的一学年。
　　暑假到来，紧张了一年的小忍蛋们快乐玩耍，乱太郎和两位好友更是乐在其中。谁知乐极生悲，假期即将结束，三人的暑假作业却没有半点动静，为此不得不接受土井半助老师（内博贵 饰）的特别补习。
　　与此同时，藏在名锻刀师六道辻卫门（栗塚旭 饰）家中的妖刀极乐丸遭人盗窃。据说这把刀藏着可怕的力量，一旦被居心叵测之人夺取，天下也将成为他的囊中之物。盗走妖刀的人来自木耳城，是年纪轻轻便担当了家老重要职务的切羽拓郎（永泽俊夫 饰），谁知此后他竟将极乐丸献给了稗田八方斋。根据山田传藏（萤雪次朗 饰）之子利吉（铃木胜吾 饰）探查得来的消息，企图借助妖刀吞并天下的稗田打算率先扫除他面前最大的障碍--忍术学园。
　　形势紧迫，学园长大川平次涡正（芦屋小雁 饰）命令乱太郎等三人潜入毒竹忍者队老巢，夺回极乐丸。如果能够顺利完成这次 `实习`挑战，园长将同意把暑假作业的答案发给他们，得知这一消息的乱太郎他们自然欢欣鼓舞，欣然前往。
　　三个小伙伴与土井老师一路前行，途中遭遇数不清的陷阱机关和忍者阻拦。好不容易找到极乐丸，却发现这只是一把假货。与此同时，各大城池的大名和忍者均蠢蠢欲动，怀着一统天下的野心向真正的极乐丸逼近…